Yo tampoco tuve problemas con la EGR, bueno a decir verdad una vez la limpiaron, pero nunca he tenido el famoso mensaje de error de inyeccio en el display o siimilar.
Tambien coincido contigo en que no he notado un cambio abismal al llevarla, si que se nota algo en la aceleracion en bajos, pero no es para tirar cohetes.
Respecto a los errores, yo por ejemplo puse bomibllas led dentro y la de posicion y marca esos errores, pero sabes que no seran nada, es mas, menos consumo de bateria.
Tapar la EGR no te hara ningun mal. Yo la puse sin agujero y a mi no me da error. Yo creo que podrias llegar a tenerla sin que guarde error alguno, para tu tranquilidad.